เทศบาลตำบลจะนะ เป็นองค์กรที่เกิดขึ้นควบคู่มากับการจัดตั้งอำเภอ เดิมเรียกว่า  “สุขาภิบาลอำเภอจะนะ” โดยมีนายอำเภอ เป็นประธานคณะกรรมการสุขาภิบาลโดยตำแหน่ง ต่อมา รัฐบาลมีนโยบายกระจายอำนาจการปกครองท้องถิ่นให้กว้างยิ่งขึ้น จึงได้ยกฐานะสุขาภิบาลขึ้นเป็น “เทศบาลตำบลจะนะ” เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ตามพระราชบัญญัติเปลี่ยนแปลงฐานะของสุขาภิบาลเป็นเทศบาล พ.ศ. 2542 สำนักงานเทศบาลตำบลจะนะ ตั้งอยู่ ณ อาคารไม้บ้านเช่า 2 ห้อง ถนนสุคนธรักษ์ ต่อมาย้ายมาอยู่ที่ สำนักงานองค์การบริหารส่วนจังหวัด ซึ่งตั้งอยู่หลังที่ว่าการอำเภอจะนะ จนถึง พ.ศ.2546 เทศบาลตำบลจะนะได้สร้างอาคารใหม่ขึ้นซึ่งตั้งอยู่ซอยหลังที่ว่าการอำเภอจะนะ ติดกับ โรงพยาบาลจะนะจนถึงปัจจุบัน

ประวัติการเลือกตั้งนายกเทศมนตรีตำบลจะนะ และ สมาชิกสภาเทศบาลตำบลจะนะ
- วันที่ 4 กรกฎาคม พ.ศ. 2542 เป็นการจัดการเลือกตั้งสมาชิกสภาเทศบาลตำบลจะนะครั้งแรก ซึ่งเป็นการเลือกสมาชิกสภาเทศบาล(เพิ่มเติม) จำนวน 3 คน ให้ครบจำนวน 12 คน ซึ่งเป็นไปตามที่กฎหมายกำหนด โดยมี นายเจะหมะ เลาะปิ ดำรงตำแหน่งนายกเทศมนตรีตำบลจะนะคนแรก สมาชิกสภาเทศบาลอยู่ครบวาระ และมีการจัดการเลือกตั้งใหม่ตามที่ กกต.กำหนด
- วันที่ 5 กรกฎาคม พ.ศ. 2546 มีการจัดการเลือกตั้งใหม่และผู้ที่ได้รับการเลือกตั้งคือ นายเจะหมะ เลาะปิ ซึ่งเป็นนายกเทศมนตรีคนเดิมปฏิบัติหน้าที่ครบวาระและมีการเลือกตั้งใหม่ตามที่ กกต.กำหนด
- วันที่ 12 สิงหาคม พ.ศ. 2550 มีการจัดการการเลือกตั้งสมาชิกสภาเทศบาลแบบแบ่งเขตและเลือกตั้งนายกเทศมนตรีโดยตรงเป็นครั้งแรก ผลการเลือกตั้ง สมาชิกสภาเทศบาลจากทีมจะนะเมืองใหม่ ได้รับเลือกตั้งเข้ามา จำนวน 9 คน ทีมรักจะนะได้รับการเลือกตั้ง จำนวน 3 คน โดยนายสุริยะ ปาลาเร่ ได้รับการเลือกตั้งเป็นนายกเทศมนตรี ปฏิบัติหน้าที่ครบวาระและมีการเลือกตั้งใหม่ตามที่ กกต.กำหนด
- วันที่ 18 กันยายน พ.ศ. 2554 มีการจัดการเลือกตั้งใหม่ ผลการเลือกตั้ง สมาชิกสภาเทศบาลจากทีมรักจะนะ จำนวน 7 คน และ จากทีมจะนะเมืองใหม่ จำนน 5 คน โดยนายเจะหมะ เลาะปิ ทีมรักจะนะ ได้รับเลือกเป็นนายกเทศมนตรี  ปฏิบัติหน้าที่ครบวาระและมีการเลือกตั้งใหม่ตามที่ กกต.กำหนด
- วันที่ 28 มีนาคม พ.ศ. 2564 มีการจัดการเลือกตั้งใหม่ ผลการเลือกตั้ง นายสุริยะ ปาลาเร่ ได้รับเลือกเป็นนายกเทศมนตรีและดำรงตำแหน่งมาจนถึงปัจจุบัน

ความเป็นมา จะนะเดิมเป็นเมืองขึ้นของเมืองพัทลุง ซึ่งมีอยู่ด้วยกัน 4 เมือง ได้แก่ ปะเหลียน จะนะ เทพา และสงขลา ต่อมา สงขลาได้แยกออกจากเมืองพัทลุง จะนะ จึงไปขึ้นกับเมืองสงขลา มีฐานะเป็นเมืองหน้าด่านทางตอนใต้และมีการสู้รบกับหัวเมืองมลายูตลอดเวลา

ขณะนี้เป็นเมืองขึ้นของพัทลุง เจ้าพระยาพัทลุง (บุน) ได้แต่งตั้งนายอินทร์ หรือเณรน้องชาย ไปเป็นเจ้าเมืองจะนะ มีพระราชทินนามว่า "พระมหานุภาพปราบสงคราม" ซึ่งบ่งบอกให้รู้ว่าเจ้าเมืองเป็นนักรบ เมืองจะนะ จึงน่าจะเป็นสมรภูมิรบ แต่ที่ตั้งเมืองจะนะในขณะนั้นคือ ที่นาทวีเมืองจะนะไปเป็นเมืองขึ้นของสงขลา เจ้าเมืองสงขลาได้แต่งตั้งให้นายฉิน บุตรของอดีตเจ้าเมืองสงขลา (โยม) ขึ้นเป็นขุนรองราชมนตรี คุมไพร่ส่วยดีบุก 9 หมวด ทำให้เมืองจะนะกับเมืองสงขลา มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกัน

ในระยะที่พม่าส่งกองทัพใหญ่ลงไปตีหัวเมืองภาคใต้ ทั้งเจ้าเมืองจะนะและขุนรองราชมลตรีเมืองจะนะ ประสบชะตากรรม ถูกประหารชีวิต เนื่องจากกรมพระราชวังบวรนทสุรสีหนาถ ยกทัพจากรุงเทพมาปราบพม่าและหัวเมืองทางใต้ คือ ปัตตานี พบว่าเจ้าเมืองจะนะ ได้ลอบมีหนังสือไปถึงพม่าให้มาตีเมืองสงขลาและพัทลุง ส่วนขุนรองราชมนตรี มีความขัดเคืองกับพระสงขลาและได้ก่อกบฎพร้อมกับนายทหารทิดเพ็ชร ยึดเมืองสงขลาและสำเร็จราชการเองได้ ปฏิบัติงานประมาทปล่อยเชลยเมืองปัตตานีหลบหนีไป